Dalam melaksanakan tugas sebagaimana dimaksud dalam pasal 518. Direktorat Urusan Agama Kristen menyelenggarakan fungsi:

1. Perumusan kebijakan di bidang Urusan Agama Kristen;
2. Koordinasi dan pelaksanaan kebijakan di bidang Urusan Agama Kristen;
3. Peningkatan kualitas Urusan Agama Kristen;
4. Fasilitas sarana dan prasarana serta pendanaan Urusan Agama Kristen;
5. Penyusunanan norma, standard, prosedur dan kriteria di bidang Urusan Agama Kristen;
6. Pemberian bimbingan teknis dan supervise di bidang Urusan Agama Kristen; serta
7. Pelaksanaan evaluasi dan lapiran di ibidang Urusan Agama Kristen;
8. Pelaksanaan administrasi direktorat.

Direktorat Urusan Agama Kristen terdiri atas:

1. Subdirektorat Kelembagaan;
2. Subdirektorat Penyuluh;
3. Subdirektorat Pemberdayaan Umat dan Pengembangan Budaya;
4. Subbagian Tata Usaha; dan
5. Kelompok Jabatan Fungsional.

Layanan yang terdapat pada Direktorat Urusan Agama Kristen adalah sebagai berikut:

1. Subdirektorat Kelembagaan terdiri atas:
• 1.1 Kasi Penguatan Lembaga, melayani:
• Aras Nasional
• Sinode
• Yayasan
• 1.2 Kasi Bina Lembaga, melayani:
• Tenaga Kerja Asing/Rohaniwan
• 1.3 Kasi Bina Keesaan Gereja, melayani:
• Penanganan Konflik Gereja


2. Subdirektorat Penyuluh terdiri atas:
• 2.1 Kasi Pengembangan Program Penyuluhan, melayani:
• Kegiatan-Kegiatan Penyuluhan
• Rekomendasi Kegiatan Keagamaan Kristen secara Nasional (Event-Event Skala Nasional)
• 2.2 Kasi Bina Penyuluh, melayani:
• Penyuluh PNS
• Penyuluh Non PNS


3. Subdirektorat Pemberdayaan Umat dan Pengembangan Budaya terdiri atas:
• 3.1 Kasi Bina Umat, melayani:
• Pembinaan Pemuda, Remaja dan Anak
• 3.2 Kasi Pengembangan Budaya Keagamaan, melayani:
• Cagar Budaya
• LPPD
• 3.3 Kasi Binas PESPARAWI, melayani:
• LPPN
• PESPARAWI