Dalam melaksanakan tugas sebagaimana dimaksud dalam Pasal 499, Sekretariat Direktorat Jenderal Bimbingan Masyarakat Kristen menyelenggarakan fungsi:

1. Koordinasi penyusunan rencana, program, kegiatan dan anggaran;
2. Koordinasi pemantauan dan evaluasi rencana, program, kegiatan, dan anggaran;
3. Pelaksanaan pengelolaan dan laporan keuangan;
4. Pelaksanaan urusan organisasi dan tata laksana;
5. Pengelolaan administrasi kepegawaian dan bina pengembangan karir pegawai pada direktorat jenderal;
6. Koordinasi dan pelaksanaan kerja sama bidang bimbingan masyarakat Kristen;
7. Penyusunan rancangan peraturan perundang- undangan dan advokasi hukum;
8. Pengelolaan data dan pengembangan sistem informasi;
9. Koordinasi dan pelaksanaan publikasi dan hubungan masyarakat;
10. Pengelolaan barang milik Negara;
11. Pelaksanaan urusan ketatausahaan dan kerumahtanggaan;
12. Pemantauan, evaluasi, dan pelaporan.

Sekretariat Direktorat Jenderal Bimbingan Masyarakat Kristen terdiri atas:

1. Bagian Perencanaan dan Sistem Informasi;
2. Bagian Keuangan;
3. Bagian Organisasi, Kepegawaian, dan Hukum;
4. Bagian Umum dan Barang Milik Negara; dan
5. Kelompok Jabatan Fungsional.

Layanan yang terdapat pada Sekretariat Direktorat Jenderal Bimbingan Masyarakat Kristen adalah sebagai berikut:

1. Layanan Tata Persuratan;
2. Layanan Data Satu Pintu.