Dalam melaksanakan tugas sebagaimana dimaksud dalam pasal 518. Direktorat Pendidikan Kristen menyelenggarakan fungsi:

1. Perumusan kebijakan di bidang pendidikan agama dan keagamaan kristen;
2. Koordinasi dan pelaksanaan kebijakan di bidang pendidikan agama dan keagamaan Kristen;
3. Peningkatan kualitas pendidikan karakter peserta didik pendidikan agama dan keagamaan kristen;
4. Fasilitas sarana dan prasarana serta pendanaan pendidikan agama dan keagamaan Kristen;
5. Penyusunanan norma, standar, prosedur, dan kriteria di bidang pendidikan agama dan keagamaan Kristen;
6. Pemberian bimbingan teknis dan supervisi di bidang pengawas pendidikan agama dan keagamaan Kristen
7. Fasilitasi penilaian angka kredit dan jabatan fungsional guru agama Kristen dan dosen dan jabatan fungsional lainnya di bidang pendidikan agama dan keagamaan kristen;
8. Pelaksanaan evaluasi dan laporan di bidang pendidikan agama dan keagamaan kristen;
9. Pelaksanaan administrasi Direktorat.

Direktorat Pendidikan Kristen terdiri atas:

1. Subdirektorat Pendidikan Dasar;
2. Subdirektorat Pendidikan Menengah;
3. Subdirektorat Pendidikan Tinggi.

Satuan kerja yang terdapat pada Direktorat Pendidikan Kristen adalah sebagai berikut:

1. Subdirektorat Pendidikan Dasar terdiri atas:
• 1.1 Kurikulum dan Evaluasi, melayani, melayani:
• Kurikulum
• Asesmen Nasional untuk Guru dan Siswa
• Perangkat Pembelajaran
• Fasilitasi sarana dan prasarana
• 1.2 Kasi Kelembagaan Pendidikan Dasar, melayani:
• Perijinan Penyelenggaraan dan Perpanjangan Ijin Penyelenggaraan SDTK dan SMPTK
• Data, direktori, akreditasi dan peningkatan mutu satuan pendidikan keagamaan kristen tingkat dasar
• Fasilitasi sarana dan prasarana
• 1.3 Kasi Ketenagaan dan kesiswaan, melayani:
• Siswa
• Sertifikasi tenaga pendidik dan tenaga kependidikan agama dan keagamaan kristen
• Fasilitasi sarana dan prasarana


2. Subdirektorat Pendidikan Menengah terdiri atas:
• 2.1 Kasi Kurikulum dan Evaluasi, melayani:
• Kurikulum
• Asesmen Nasional untuk Guru dan Siswa
• Perangkat Pembelajaran
• Fasilitasi sarana dan prasarana
• 2.2 Kasi Kelembagaan Pendidikan Menengah, melayani:
• Perijinan Penyelenggaraan dan Perpanjangan Ijin Penyelenggaraan SMTK dan SMAK
• Data, direktori dan peningkatan mutu pendidikan agama dan keagamaan kristen tingkat menengah
• 2.3 Ketenagaan dan Kesiswaan, melayani:
• Siswa
• Sertifikasi tenaga pendidik dan tenaga kependidikan agama dan keagamaan kristen
• Fasilitasi sarana dan prasarana


3. Subdirektorat Pendidikan Tinggi terdiri atas:
• 3.1 Kasi Pengembangan Akademik dan akreditasi, melayani:
• Rekomendasi Akreditasi
• Kurikulum
• Fasilitasi sarana dan prasarana
• 3.2 Kasi Kelembagaan Pendidikan Tinggi, melayani:
• Perijinan Penyelenggaraan dan Perpanjangan Ijin Penyelenggaraan
• Perijinan Pendirian Perguruan Tinggi Keagamaan Kristen
• Penyetaraan Ijazah
• Fasilitasi sarana dan prasarana
• 3.3 Kasi Ketenagaan dan Kemahasiswaan, melayani:
• Mahasiswa/i
• Tenaga Pendidik dan tenaga kependidikan pendidikan tinggi
• Sertifikasi Dosen, jabatan fungsional dosen dan jabatan fungsional lainnya
• Fasilitasi sarana dan prasarana